#CNBR_Open Seminar. Peter Kharchenko "Single-cell transcriptomics in diseases"

#CNBR_Open приглашает на открытый семинар! на этот раз семинар проекта Центра Нейробиологии и Нейрореабилитации проведёт профессор Harvard Medical School Пётр Харченко, который расскажет об активно развивающемся подходе — single cell transcriptomics, позволяющем заглянуть внутрь отдельных клеток разных тканей, узнать больше о том, как именно они работают и что происходит на молекулярном уровне при различных болезнях: раке, заболеваниях мозга и др. подробнее в описании Comparative analysis of disease-oriented single-cell transcriptional dataset collections

Наука

Single-cell RNA-seq assays are being increasingly applied in complex study designs, which involve measurements of many samples, commonly spanning multiple individuals, conditions, or tissue compartments. Joint analysis of such extensive, and often heterogeneous, sample collections requires a way of identifying and tracking recurrent cell subpopulations across the entire collection, and an effective way of exploring contrasts between samples.

We develop comparative approaches for analysis of case-control study designs, commonly used to study the impact of disease or a drug on a particular tissue. The analysis starts by establishing probabilistic mapping – a joint graph – connecting all cells within the collection.

The graph can then be used to propagate information between samples and to identify cell communities that show consistent grouping across broad subsets of the collected samples. The contrast between conditions is then formulated in terms of 
i) compositional shifts between different cell populations, 
ii) transcriptional shifts within the distinct cell populations, and 
iii) within-group expression state variability. 

The compositional data analysis techniques are applied in the context of cell types hierarchies to suggest most parsimonious explanation of the changes. The differential expression analysis is used to identify most affected cell types, and characterize the likely functional interpretation of the cell type-specific changes. 

We illustrate the application of these methods in the context of different studies of human disease, including cancer and diseases affecting the brain.

Поделиться:

926 дней назад
20 декабря 2019 14:00–15:30

Москва
Bolshoy Boulevard 30, bld. 1
Показать на карте

Уже есть билет
Восстановить или вернуть

Поделиться:

Есть вопросы?

Напишите нам, и мы обязательно вам ответим. Много интересного уже есть в нашей базе знаний.

Участник Организатор

Связь с организатором

Напоминаем, что для того чтобы восстановить билет или сделать возврат организатору можно не писать.

На этот адрес придёт ответ от организатора.

Подпишитесь на рассылку организатора

Восстановление билета

Введите адрес электронной почты, указанный при регистрации на событие

Обращаем внимание на то, что билеты должны были прийти к вам на почту сразу после покупки.

Возврат билета

Если вы хотите вернуть билеты, вы можете сделать это по ссылке из письма с билетами или оформить запрос организатору в вашем  личном кабинете.

Подробнее о возврате билетов